Dynamiczny rozwój lotniska oraz wzrost ruchu pasażerskiego i towarowego przyniósł zmiany w organizacji Służby Celnej w Porcie Lotniczym Katowice-Pyrzowice. Od 15 września 2016 roku na śląskim lotnisku działają dwa odrębne oddziały celne: Oddział Celny Towarowy Port Lotniczy Katowice-Pyrzowice (PL331040), Oddział Celny Osobowy Port Lotniczy Katowice-Pyrzowice (PL331050).

Funkcjonowanie dwóch odrębnych oddziałów celnych: osobowego i towarowego, pozwoli na skuteczną realizację zadań Służby Celnej w zakresie wysokich standardów obsługi podróżnych oraz poprawę płynności międzynarodowego obrotu towarowego. Rozwiązanie to przyczyni się do zwiększenia bezpieczeństwa obywateli Polski i Unii Europejskiej oraz ochrony rynku